Не было никакой срочной необходимости в «Бигле», поэтому он "лежал в обычном режиме", пришвартованный на плаву, но без мачт и такелажа. Затем он был приспособлен для использования в качестве геодезического барка и принял участие в трех геодезических экспедициях. Второе плавание HMS Beagle примечательно тем, что в нем участвовал недавно окончивший университет натуралист Чарльз Дарвин, совершивший кругосветное путешествие.